More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2118 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
308 aa  630  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  60.94 
 
 
308 aa  362  5.0000000000000005e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  59.87 
 
 
307 aa  361  7.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  56.52 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  55.63 
 
 
309 aa  326  4.0000000000000003e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  55.63 
 
 
309 aa  325  5e-88  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 
314 aa  316  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  50.64 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  50.64 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  50.64 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  53.54 
 
 
306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  52.44 
 
 
305 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 
314 aa  309  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 
318 aa  308  6.999999999999999e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 
314 aa  308  9e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  51.79 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 
314 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  52.94 
 
 
304 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 
314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
312 aa  305  7e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  52.94 
 
 
304 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 
314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  51.47 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
314 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 
314 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 
314 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  49.2 
 
 
314 aa  301  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
318 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  48.23 
 
 
314 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 
314 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  52.77 
 
 
305 aa  299  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
305 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  50.48 
 
 
318 aa  298  9e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  51.79 
 
 
317 aa  296  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
305 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
305 aa  296  4e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  48.41 
 
 
318 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 
302 aa  288  8e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
307 aa  288  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 
317 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 
315 aa  286  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 
321 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 
314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 
313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
317 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 
318 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 
317 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 
317 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
317 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 
317 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 
318 aa  278  9e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 
321 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  51.02 
 
 
293 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 
321 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  51.02 
 
 
293 aa  277  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 
321 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 
321 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  49.03 
 
 
315 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  48.01 
 
 
307 aa  276  4e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  48.53 
 
 
315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  48.53 
 
 
310 aa  272  5.000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 
321 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 
321 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 
311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 
302 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 
328 aa  269  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 
302 aa  269  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 
302 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 
317 aa  267  2e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 
302 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  46.2 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 
308 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  48.04 
 
 
311 aa  262  6e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  48.69 
 
 
298 aa  259  4e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  48.54 
 
 
314 aa  258  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 
309 aa  258  8e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  45.94 
 
 
319 aa  256  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 
310 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  46.6 
 
 
311 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  45.57 
 
 
308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 
310 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  45.48 
 
 
313 aa  252  7e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  46.73 
 
 
311 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  46.25 
 
 
347 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  46.94 
 
 
299 aa  249  5e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  48.5 
 
 
339 aa  249  6e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  48.21 
 
 
310 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 
318 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 
310 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 
310 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 
303 aa  248  9e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  49.22 
 
 
337 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  48.83 
 
 
310 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 
323 aa  247  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>