More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1213 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 325 aa  614  1e-175  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  61.16 
 
 		 343 aa  341  9e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  62.33 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  58.2 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  56.13 
 
 		 322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  58.72 
 
 		 298 aa  299  4e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  55.48 
 
 		 293 aa  286  4e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  52.98 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  54.75 
 
 		 297 aa  278  1e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  58.02 
 
 		 289 aa  277  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  58.39 
 
 		 289 aa  276  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  55.45 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  58.11 
 
 		 299 aa  272  5.000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 310 aa  272  5.000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  54.72 
 
 		 299 aa  269  5e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  55.19 
 
 		 307 aa  268  8e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 294 aa  264  2e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  48.2 
 
 		 348 aa  262  6.999999999999999e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  52.46 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  52.92 
 
 		 313 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 		 295 aa  255  8e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  53.72 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  53.72 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  53.72 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  49.17 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  50.98 
 
 		 305 aa  245  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 305 aa  241  7.999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  52.86 
 
 		 327 aa  238  9e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  51.28 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 327 aa  232  6e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.63 
 
 		 333 aa  231  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 367 aa  228  1e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  48.73 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  39.84 
 
 		 387 aa  210  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  46.28 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  48.89 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  46.69 
 
 		 291 aa  191  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.39 
 
 		 344 aa  186  3e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 280 aa  186  4e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.09 
 
 		 324 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 311 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  46.34 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  45.3 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  34.71 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  46.69 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  46.69 
 
 		 321 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  46.69 
 
 		 321 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  46.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  46.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  46.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  46.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  48.67 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  46.28 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  49.08 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  44.91 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.9 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.13 
 
 		 279 aa  172  5e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 330 aa  172  6.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.44 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.44 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 315 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 318 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.43 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  45.42 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  46.38 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  36.62 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>