More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1021 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 333 aa  654    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 336 aa  270  2e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  48.52 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  50.91 
 
 		 343 aa  252  6e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  49.65 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  52.7 
 
 		 327 aa  233  3e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  52.04 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  48.08 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  47.35 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 307 aa  227  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  48.95 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  46.8 
 
 		 289 aa  223  4e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.74 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.34 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 304 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  47.4 
 
 		 301 aa  215  9e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  48.32 
 
 		 289 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  45.34 
 
 		 303 aa  209  7e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 299 aa  205  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  45.42 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  38.27 
 
 		 344 aa  188  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  42.45 
 
 		 279 aa  179  7e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  42.66 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 		 291 aa  177  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.06 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 307 aa  173  5e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.59 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  34.46 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 322 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 387 aa  169  7e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  45.29 
 
 		 318 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 363 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  36.99 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.28 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.86 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.86 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  36.96 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 324 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 359 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 241 aa  163  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 412 aa  162  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  38.2 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>