More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2073 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 306 aa  597  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  67.54 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  54.1 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  53.25 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  51.95 
 
 		 368 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 		 366 aa  285  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  52.27 
 
 		 412 aa  285  9e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  52.43 
 
 		 387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  54.75 
 
 		 318 aa  279  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  57.36 
 
 		 363 aa  278  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 366 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  55.3 
 
 		 307 aa  274  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 		 310 aa  272  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  47.44 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 		 324 aa  268  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  53.46 
 
 		 304 aa  265  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 		 324 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 		 324 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  41.51 
 
 		 320 aa  261  1e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 310 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  53.64 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 341 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  52.87 
 
 		 342 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  53.64 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  50.19 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 341 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 341 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  53.26 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  46.71 
 
 		 354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  53.21 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  47.15 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 296 aa  209  6e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 324 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  45.77 
 
 		 307 aa  205  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  44.06 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 322 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  35.13 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  40.41 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  36.91 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  36.28 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>