More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0291 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 363 aa  721    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  58.06 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  61.35 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  56.9 
 
 		 387 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  56.78 
 
 		 368 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  60.13 
 
 		 412 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  61.14 
 
 		 366 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  61.24 
 
 		 351 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  61.9 
 
 		 342 aa  352  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  58.75 
 
 		 354 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  60.66 
 
 		 341 aa  335  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  60.66 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  60.66 
 
 		 341 aa  333  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  58.47 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  59.28 
 
 		 335 aa  328  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  57.43 
 
 		 300 aa  327  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  53.53 
 
 		 310 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  56.38 
 
 		 307 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  52.88 
 
 		 310 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 		 318 aa  309  5.9999999999999995e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 324 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 309 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  54.17 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  51.4 
 
 		 324 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  51.4 
 
 		 324 aa  301  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 312 aa  295  6e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  51.69 
 
 		 301 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  52.03 
 
 		 301 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 302 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  51.69 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  57.36 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  50.31 
 
 		 311 aa  276  5e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 		 320 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 301 aa  273  5.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.01 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  45.19 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 298 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 308 aa  217  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 312 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 308 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 311 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  39.87 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  39.17 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 305 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 313 aa  202  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45.56 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 314 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.94 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 304 aa  197  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.28 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.92 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  44.16 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  41.82 
 
 		 318 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.32 
 
 		 321 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.32 
 
 		 321 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.26 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>