More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2801 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 298 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  63.97 
 
 		 302 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  65.32 
 
 		 301 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  65.32 
 
 		 301 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  60.54 
 
 		 304 aa  361  9e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  65.32 
 
 		 301 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  58.39 
 
 		 301 aa  334  9e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  46.39 
 
 		 324 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 312 aa  270  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 366 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 308 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 309 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  48.82 
 
 		 342 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 324 aa  267  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 324 aa  267  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  48.48 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  47.81 
 
 		 335 aa  265  7e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  48.24 
 
 		 318 aa  262  4.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  48.03 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 341 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  47.7 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 351 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 341 aa  257  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  46.71 
 
 		 366 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  45.72 
 
 		 412 aa  256  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 387 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 358 aa  255  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 320 aa  246  4e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  46.43 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  47.4 
 
 		 363 aa  238  9e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 311 aa  218  7e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  47.86 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.68 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 321 aa  198  9e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 321 aa  198  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.41 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.75 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  38.7 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.09 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  45.65 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0181  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0205  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 241 aa  175  8e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  38.05 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>