More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0229 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  86.72 
 
 		 366 aa  639    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  96.28 
 
 		 351 aa  680    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 368 aa  745    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  85.29 
 
 		 387 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  82.37 
 
 		 366 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  85.76 
 
 		 412 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  87.58 
 
 		 358 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  63.5 
 
 		 342 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  63.11 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  63.11 
 
 		 341 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  62.75 
 
 		 341 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  56.13 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  60.38 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  60.52 
 
 		 335 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  59.34 
 
 		 299 aa  350  2e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  57.98 
 
 		 310 aa  346  5e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  57.7 
 
 		 300 aa  342  5e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  57.33 
 
 		 309 aa  340  2.9999999999999998e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  54.98 
 
 		 310 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 310 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 312 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  51.27 
 
 		 320 aa  324  2e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  52.83 
 
 		 324 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  56.72 
 
 		 307 aa  313  3.9999999999999997e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  50.78 
 
 		 318 aa  309  4e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  53.35 
 
 		 310 aa  299  6e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  51.95 
 
 		 306 aa  286  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.23 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  51.27 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 302 aa  262  6.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  42.3 
 
 		 301 aa  253  5.000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 301 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 298 aa  239  5.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  42.53 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 312 aa  209  7e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 318 aa  205  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 305 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 314 aa  202  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.42 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 305 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.99 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 306 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 318 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 314 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 308 aa  190  4e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 299 aa  189  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  36.98 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 318 aa  187  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  36.13 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 		 344 aa  186  8e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>