More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0441 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 311 aa  613  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  67.54 
 
 		 306 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 		 366 aa  301  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 308 aa  297  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  52.52 
 
 		 387 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 		 412 aa  289  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  52.56 
 
 		 358 aa  286  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  50.31 
 
 		 363 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 		 351 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  51.27 
 
 		 368 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 366 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  53.61 
 
 		 318 aa  277  1e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  55.47 
 
 		 307 aa  276  5e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  46.44 
 
 		 324 aa  268  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  49.19 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  45.82 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 354 aa  259  6e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  46.5 
 
 		 309 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 312 aa  251  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  42.63 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.93 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  46.35 
 
 		 310 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 310 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  47.99 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  47.99 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  47.99 
 
 		 341 aa  249  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 300 aa  248  8e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  45.86 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.28 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.28 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  46.73 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  45.96 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  44.41 
 
 		 324 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 301 aa  209  6e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.17 
 
 		 293 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  35.76 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 312 aa  185  8e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  34.7 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 321 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 321 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 344 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  36.93 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  32.15 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>