More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3630 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 307 aa  612  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  56.68 
 
 		 304 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  55.77 
 
 		 310 aa  327  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  58.03 
 
 		 366 aa  325  7e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  57.52 
 
 		 387 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 318 aa  316  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  54.43 
 
 		 301 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  56.38 
 
 		 363 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  57.05 
 
 		 412 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  56.72 
 
 		 368 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  56.07 
 
 		 358 aa  311  9e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  56.72 
 
 		 351 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  53.44 
 
 		 301 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  56.39 
 
 		 366 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  52.63 
 
 		 302 aa  305  8.000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 301 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  54.07 
 
 		 301 aa  298  7e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  55.78 
 
 		 342 aa  291  9e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  50.31 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  50.31 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 335 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  49.38 
 
 		 324 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 310 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 341 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 341 aa  285  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  51.48 
 
 		 310 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 341 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 		 308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 309 aa  279  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 310 aa  276  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  55.3 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  47.76 
 
 		 312 aa  268  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  55.47 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  49.37 
 
 		 324 aa  253  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  42.04 
 
 		 320 aa  246  3e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  47.59 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 298 aa  235  9e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 313 aa  212  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 344 aa  209  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  47.29 
 
 		 293 aa  208  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.02 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  41.97 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 314 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 312 aa  203  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.14 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  50.69 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  53.27 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  43.45 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  52.11 
 
 		 289 aa  199  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 305 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  51.63 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.18 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  47.93 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 359 aa  193  3e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 321 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>