More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_3048 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 318 aa  641    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  59.62 
 
 		 310 aa  369  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  52.66 
 
 		 366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 307 aa  316  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  52.04 
 
 		 412 aa  315  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  51.1 
 
 		 387 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  51.72 
 
 		 358 aa  312  4.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  51.41 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  51.1 
 
 		 351 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  50.78 
 
 		 368 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  52.1 
 
 		 363 aa  308  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 		 342 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 354 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 335 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  52.08 
 
 		 341 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  52.08 
 
 		 341 aa  297  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  51.12 
 
 		 341 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  47.78 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  47.81 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  47.81 
 
 		 310 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  47.63 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  46.43 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  46.06 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  54.75 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.11 
 
 		 301 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  47.65 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 301 aa  276  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  47.65 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 300 aa  272  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  45.94 
 
 		 320 aa  270  2e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.43 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  46.06 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 301 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  53.61 
 
 		 311 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  48.68 
 
 		 324 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  48.24 
 
 		 298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  46.72 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 312 aa  188  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 293 aa  188  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 308 aa  189  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.27 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  35.08 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>