More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1424 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  84.39 
 
 		 322 aa  490  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  64.69 
 
 		 298 aa  362  4e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  59.32 
 
 		 299 aa  337  9.999999999999999e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  59.53 
 
 		 299 aa  332  6e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  60.33 
 
 		 336 aa  324  1e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  57.24 
 
 		 293 aa  323  3e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  60.74 
 
 		 289 aa  323  3e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  60.61 
 
 		 289 aa  323  3e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  57.58 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  58.2 
 
 		 325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  57.27 
 
 		 343 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  57.79 
 
 		 307 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  59.8 
 
 		 301 aa  312  4.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  57.19 
 
 		 302 aa  308  6.999999999999999e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  58.14 
 
 		 310 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  56.52 
 
 		 295 aa  304  1.0000000000000001e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  58.19 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  58.94 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 		 297 aa  296  3e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  54.82 
 
 		 313 aa  295  6e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 295 aa  291  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  52 
 
 		 299 aa  285  5.999999999999999e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  52.75 
 
 		 298 aa  285  7e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  55.1 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  55.1 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  55.1 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  52.17 
 
 		 318 aa  275  9e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  56.33 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  53.49 
 
 		 304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 327 aa  272  5.000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.56 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 327 aa  268  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  49.01 
 
 		 333 aa  259  4e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.33 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 367 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45.33 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 387 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  50.69 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.33 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 291 aa  196  6e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  48.86 
 
 		 279 aa  189  4e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  45.49 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  46.73 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  42.02 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.39 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  39.94 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.78 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 318 aa  182  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  44.89 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  46.96 
 
 		 249 aa  181  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.59 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 241 aa  179  5.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  40.47 
 
 		 230 aa  179  7e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.38 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.13 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 311 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>