More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0640 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
298 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 
291 aa  200  3e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 
293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 
333 aa  192  5e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  43.99 
 
 
295 aa  192  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 
322 aa  190  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.74 
 
 
299 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 
299 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 
308 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 
308 aa  187  3e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  46.3 
 
 
299 aa  186  6e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 
293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  50.78 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  46.55 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 
300 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 
308 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 
297 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 
297 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  45.39 
 
 
297 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.16 
 
 
299 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 
294 aa  179  4e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 
297 aa  177  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 
308 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 
298 aa  177  2e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 
314 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 
302 aa  176  4e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  46.33 
 
 
302 aa  175  9e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  46.07 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  45.14 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 
309 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 
327 aa  172  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  36.64 
 
 
305 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  41.33 
 
 
313 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  39.25 
 
 
309 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 
327 aa  171  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
306 aa  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 
315 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 
297 aa  169  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.39 
 
 
318 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
313 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 
301 aa  168  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.47 
 
 
298 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 
303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 
293 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 
310 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 
313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  43.57 
 
 
336 aa  165  8e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 
323 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 
305 aa  162  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  42.09 
 
 
318 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  37.28 
 
 
302 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  37.09 
 
 
302 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 
337 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  48.04 
 
 
289 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  33.01 
 
 
309 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.33 
 
 
299 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 
307 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
301 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  46.3 
 
 
304 aa  160  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
311 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
302 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
302 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
302 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 
294 aa  159  4e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
321 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
302 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 
304 aa  159  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
321 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 
310 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 
310 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
310 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 
310 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 
300 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 
310 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 
310 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 
314 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 
288 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 
301 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 
283 aa  157  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
304 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl282  tRNA pseudouridine 5S synthase  30.59 
 
 
286 aa  156  4e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000650748  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 
310 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  33.68 
 
 
283 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 
341 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 
311 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 
313 aa  155  7e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 
343 aa  155  9e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 
341 aa  155  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 
311 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 
341 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  30.58 
 
 
309 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 
322 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 
315 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.64 
 
 
300 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>