More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5115 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 310 aa  608  1e-173  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  57.43 
 
 		 322 aa  323  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  57.28 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  60.14 
 
 		 336 aa  307  1.0000000000000001e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  57.29 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  63.67 
 
 		 305 aa  297  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  54.88 
 
 		 297 aa  297  2e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  61.04 
 
 		 327 aa  287  2e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  56.25 
 
 		 294 aa  282  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  56.73 
 
 		 343 aa  281  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  54.83 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  54.58 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  54.58 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  54.58 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 299 aa  275  9e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  53.27 
 
 		 325 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  53.98 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  52.04 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  54.36 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  52.69 
 
 		 299 aa  268  5.9999999999999995e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  52.98 
 
 		 304 aa  265  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  51.9 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  55.63 
 
 		 305 aa  261  8e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  53.24 
 
 		 298 aa  261  8.999999999999999e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  66.04 
 
 		 289 aa  254  9e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  51.7 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  48.98 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  51.34 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  48.67 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.24 
 
 		 348 aa  236  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 367 aa  203  2e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 323 aa  202  6e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.96 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 291 aa  201  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.02 
 
 		 309 aa  198  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  49 
 
 		 387 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  52.09 
 
 		 291 aa  195  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.37 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 318 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 		 363 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 344 aa  182  9.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 308 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  46.76 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 311 aa  177  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 341 aa  175  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 314 aa  175  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.12 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  49.3 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  35.59 
 
 		 280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  34.45 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  37.88 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>