More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1378 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 327 aa  617  1e-176  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  92.74 
 
 		 305 aa  482  1e-135  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  61.54 
 
 		 310 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 306 aa  296  3e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  55.18 
 
 		 322 aa  295  9e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  57.73 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  57.09 
 
 		 295 aa  293  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  57.19 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  54.95 
 
 		 293 aa  288  1e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  57.69 
 
 		 336 aa  280  3e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  55.04 
 
 		 299 aa  276  3e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  56.36 
 
 		 313 aa  275  7e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  57.44 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  56.21 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  55.05 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  55.05 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  55.05 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  55.06 
 
 		 343 aa  269  4e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  52.07 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  54.48 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  52.41 
 
 		 298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  53.9 
 
 		 327 aa  262  6.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 298 aa  255  7e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  52.7 
 
 		 333 aa  255  8e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 325 aa  253  5.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  51.72 
 
 		 297 aa  252  7e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  54.83 
 
 		 289 aa  246  4e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  54.64 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  52.9 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  49.49 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.37 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 367 aa  206  3e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  53.21 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 291 aa  198  9e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  42.79 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  41.1 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  44.06 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  45.79 
 
 		 308 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 387 aa  188  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  47.75 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 		 241 aa  182  8.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  37.94 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 306 aa  180  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 308 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  47.52 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  42.28 
 
 		 318 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  37.24 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  45.13 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 359 aa  175  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  47.66 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  47 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.21 
 
 		 307 aa  173  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15331  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  37.16 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.765679  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  38.2 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 313 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>