More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0287 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 367 aa  758    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  44.08 
 
 		 387 aa  279  4e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 325 aa  222  8e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  52.14 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  43.71 
 
 		 336 aa  218  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 318 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 298 aa  213  5.999999999999999e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 304 aa  212  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  38.48 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  50.64 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  48.94 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  47.56 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  48.09 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.81 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  39.87 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 289 aa  199  7e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  45.99 
 
 		 298 aa  199  9e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  47.98 
 
 		 297 aa  199  9e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  47.98 
 
 		 297 aa  199  9e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  47.98 
 
 		 297 aa  199  9e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 333 aa  191  2.9999999999999997e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  45.8 
 
 		 301 aa  189  9e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 294 aa  189  9e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 327 aa  184  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  48.05 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 303 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  34.44 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 249 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  33.43 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.84 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  34.3 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 		 280 aa  163  5.0000000000000005e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  35.41 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  35.41 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 318 aa  163  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  42.41 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 318 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 292 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  33.99 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.79 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  32.97 
 
 		 305 aa  159  9e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  35.41 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 299 aa  159  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  35.51 
 
 		 283 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  32 
 
 		 307 aa  158  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 323 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  34.2 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  34.77 
 
 		 368 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  34.43 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 241 aa  157  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 301 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  34.65 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 311 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 321 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 321 aa  156  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 311 aa  156  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 310 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 310 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>