More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1065 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 299 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  74.16 
 
 		 299 aa  433  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  74.74 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  69.1 
 
 		 293 aa  377  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  58.72 
 
 		 322 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  58.05 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  58.48 
 
 		 299 aa  319  3e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  60.69 
 
 		 289 aa  318  6e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  61.26 
 
 		 305 aa  318  7e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  60.82 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  59.38 
 
 		 295 aa  316  3e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  61.25 
 
 		 313 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  57.95 
 
 		 336 aa  301  8.000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  54.95 
 
 		 302 aa  299  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  57.45 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  57.45 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  57.45 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 		 298 aa  281  1e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  55.93 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  53.66 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  55.71 
 
 		 310 aa  278  7e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  54.7 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  55.78 
 
 		 325 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  56.54 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  51.09 
 
 		 343 aa  265  8.999999999999999e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  52.88 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  57.04 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.16 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  51.67 
 
 		 318 aa  254  9e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.67 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  56.21 
 
 		 327 aa  249  3e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.61 
 
 		 348 aa  238  5.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  51.71 
 
 		 367 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 293 aa  212  7.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  49.53 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  48.76 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  48.8 
 
 		 387 aa  198  7e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 		 293 aa  196  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  47.11 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  50.47 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.29 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 301 aa  189  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.77 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.69 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.37 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.22 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  36.24 
 
 		 298 aa  181  9.000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  39.45 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  39.15 
 
 		 230 aa  178  1e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  43.59 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  43.41 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>