More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_11500 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  100 
 
 		 348 aa  678    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 306 aa  261  8.999999999999999e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 322 aa  260  3e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  51.19 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  54.04 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  47.15 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  47.53 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 298 aa  235  1.0000000000000001e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  43.77 
 
 		 310 aa  230  4e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.74 
 
 		 299 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  47.11 
 
 		 305 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.77 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  42.07 
 
 		 298 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  46.2 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  44.51 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  45.43 
 
 		 327 aa  216  5e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 294 aa  216  7e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 304 aa  208  9e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  35.81 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  47.16 
 
 		 323 aa  198  9e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  33.66 
 
 		 387 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  46.32 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.03 
 
 		 310 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.16 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 302 aa  168  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.44 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  38.69 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 241 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 363 aa  164  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  34.23 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  35.16 
 
 		 280 aa  162  6e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.97 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  35.66 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.35 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  34.97 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  35.93 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  37.7 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  40.89 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 299 aa  158  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>