More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2487 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 307 aa  585  1e-166  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  57.47 
 
 		 306 aa  306  4.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  56.03 
 
 		 322 aa  301  9e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  54.36 
 
 		 293 aa  276  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  59.12 
 
 		 336 aa  276  4e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  55.52 
 
 		 299 aa  265  5.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  55.31 
 
 		 325 aa  264  1e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  54.97 
 
 		 299 aa  264  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  54.73 
 
 		 298 aa  261  8.999999999999999e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  55.15 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  55.14 
 
 		 343 aa  256  2e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  54.49 
 
 		 301 aa  256  4e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  54.05 
 
 		 297 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  54.05 
 
 		 297 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  54.05 
 
 		 297 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  54.64 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  54.04 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  58.03 
 
 		 289 aa  251  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  52.6 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  53.49 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 318 aa  245  6.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 299 aa  245  8e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  56.45 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  52.16 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  52.48 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 327 aa  229  3e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  48.5 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  53.05 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 367 aa  209  4e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  49.32 
 
 		 293 aa  186  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  48.84 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  49.32 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  48.18 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 241 aa  179  5.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.02 
 
 		 314 aa  176  7e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  48.11 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  44.24 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  47.17 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  40 
 
 		 238 aa  171  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 280 aa  170  3e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 311 aa  170  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 310 aa  170  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  47.27 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.97 
 
 		 225 aa  168  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1445  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  47.6 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15331  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  39.07 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.765679  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  36.18 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  39.15 
 
 		 309 aa  162  7e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.91 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15481  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  38.6 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15081  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  38.14 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.976573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>