More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3960 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  53.8 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  57.4 
 
 		 298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  54.88 
 
 		 299 aa  272  6e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 295 aa  269  4e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  52.9 
 
 		 293 aa  267  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  52.54 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  54.64 
 
 		 289 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  54.46 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  50.52 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 		 289 aa  259  3e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  58.3 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  52.98 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  53.44 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  53.79 
 
 		 313 aa  255  5e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  54.81 
 
 		 323 aa  255  6e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  49.15 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 327 aa  253  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  48.46 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  48.24 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  56.94 
 
 		 305 aa  250  3e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  56.6 
 
 		 327 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  51.8 
 
 		 318 aa  244  9e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 325 aa  241  2e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  55 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  48.91 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  49.3 
 
 		 295 aa  222  8e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 367 aa  218  7.999999999999999e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.14 
 
 		 333 aa  218  8.999999999999998e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.67 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.44 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  37.37 
 
 		 387 aa  192  4e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 291 aa  189  5e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.36 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  35.66 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  50.45 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  35.66 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.92 
 
 		 241 aa  180  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  40.62 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 363 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  45.1 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  39.54 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  44.76 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  48.58 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 311 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.7 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  43.53 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  36.27 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 321 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 321 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.62 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 306 aa  168  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  36.11 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>