More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1186 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 313 aa  594  1e-169  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  74.49 
 
 		 327 aa  393  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  66.08 
 
 		 289 aa  315  6e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  60.82 
 
 		 293 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  59.53 
 
 		 299 aa  305  8.000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  58.84 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  60.62 
 
 		 295 aa  300  2e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  55.48 
 
 		 306 aa  296  2e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  53.23 
 
 		 322 aa  295  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  61.81 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  60 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  56.25 
 
 		 302 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  57.09 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  55.89 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  56.54 
 
 		 297 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  56.54 
 
 		 297 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  56.54 
 
 		 297 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 		 297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  53.12 
 
 		 299 aa  271  7e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  57.88 
 
 		 298 aa  268  1e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  54.13 
 
 		 336 aa  267  1e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  58.36 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  54.86 
 
 		 310 aa  265  5e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  50.88 
 
 		 343 aa  260  2e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  58.02 
 
 		 305 aa  256  5e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 298 aa  255  6e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  53.1 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 		 325 aa  252  7e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  52.51 
 
 		 318 aa  249  5e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  56.71 
 
 		 323 aa  249  5e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  56.7 
 
 		 327 aa  249  5e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  54.49 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.9 
 
 		 348 aa  226  4e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  45.1 
 
 		 293 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 367 aa  202  5e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.24 
 
 		 291 aa  199  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  46.3 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  46.07 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  46.27 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.3 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 311 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  52.27 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.97 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  46.85 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.97 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.97 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  48.82 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  46.85 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.12 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.12 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.12 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.12 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  46.4 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.65 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  44.94 
 
 		 387 aa  183  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  48.13 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  33.79 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  48.61 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 307 aa  180  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  41.69 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  45.75 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  42.81 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  42.79 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  50.7 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>