More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3589 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 295 aa  584  1e-166  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  71.53 
 
 		 293 aa  388  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  65.05 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  64.71 
 
 		 289 aa  345  6e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  60.82 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  57.19 
 
 		 299 aa  301  9e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  53.51 
 
 		 322 aa  300  2e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  55.33 
 
 		 306 aa  298  6e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  56.61 
 
 		 295 aa  292  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  58.08 
 
 		 289 aa  292  5e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  58.78 
 
 		 305 aa  286  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  57.09 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  55.85 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  57.53 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  55.33 
 
 		 298 aa  276  2e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  54.75 
 
 		 343 aa  276  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  54.39 
 
 		 297 aa  275  6e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  56.16 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  55.86 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  55.86 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  55.86 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  52.46 
 
 		 325 aa  265  1e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  54.36 
 
 		 294 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  51.37 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 		 327 aa  255  8e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  51 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  49.3 
 
 		 304 aa  231  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.61 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 327 aa  214  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 291 aa  214  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 		 323 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  38.53 
 
 		 367 aa  207  2e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  47.18 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.5 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 313 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 		 244 aa  180  2.9999999999999997e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.8 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 241 aa  173  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 311 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  45.85 
 
 		 313 aa  172  9e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  36.72 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  38.91 
 
 		 230 aa  170  3e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 344 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>