More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2213 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 323 aa  612  9.999999999999999e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  58.57 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  57.05 
 
 		 295 aa  280  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  54.75 
 
 		 299 aa  278  6e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  52.6 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  54.81 
 
 		 304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 299 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  54.13 
 
 		 297 aa  269  5e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  56.71 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  50.95 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 322 aa  264  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 306 aa  257  1e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  55.22 
 
 		 289 aa  253  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  52.82 
 
 		 293 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  55.17 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  53.02 
 
 		 294 aa  249  7e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  53.64 
 
 		 289 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  51.42 
 
 		 336 aa  245  6.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  52.6 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  51.54 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  51.54 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  51.54 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  51.34 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  54.08 
 
 		 305 aa  241  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 325 aa  239  4e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 307 aa  228  9e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  50.62 
 
 		 343 aa  222  6e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 295 aa  218  8.999999999999998e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.16 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 367 aa  207  2e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  45 
 
 		 387 aa  186  6e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  50.24 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  48.6 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 344 aa  170  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  37.77 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 311 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 318 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.17 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.55 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  39.35 
 
 		 363 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 244 aa  166  5e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35.98 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  33.79 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 342 aa  165  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.85 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.23 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  32.46 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 311 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 314 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.36 
 
 		 334 aa  162  9e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>