More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2922 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 301 aa  607  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  93.36 
 
 		 301 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  92.03 
 
 		 301 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  72.67 
 
 		 302 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  70.67 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  66.78 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  65.32 
 
 		 298 aa  350  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  53.44 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  52.03 
 
 		 363 aa  292  6e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  49.19 
 
 		 310 aa  282  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  48.69 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 324 aa  275  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 324 aa  275  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 310 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  48.65 
 
 		 342 aa  272  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 		 310 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 318 aa  268  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 335 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  48.65 
 
 		 354 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  47.26 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  49.32 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 341 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 341 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 309 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  46.53 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  53.64 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  46.53 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  46.2 
 
 		 358 aa  248  7e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 412 aa  248  8e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  52.24 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  45.87 
 
 		 366 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 		 368 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 320 aa  237  1e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 324 aa  208  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 318 aa  202  7e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  48.76 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 344 aa  187  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  38.11 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  39.21 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.95 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 308 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 317 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.92 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  45.22 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>