More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1045 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  76 
 
 		 299 aa  461  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  60.81 
 
 		 342 aa  362  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  60.88 
 
 		 341 aa  360  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  60.47 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  60.54 
 
 		 341 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  60.81 
 
 		 354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  60.54 
 
 		 341 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  57.79 
 
 		 366 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  57.7 
 
 		 368 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 		 412 aa  342  5.999999999999999e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  58.03 
 
 		 351 aa  341  8e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  57.52 
 
 		 387 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  57.7 
 
 		 366 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  55.7 
 
 		 358 aa  332  7.000000000000001e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  57.43 
 
 		 363 aa  326  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 310 aa  288  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  50.65 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 324 aa  286  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 312 aa  285  8e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  48.24 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  48.24 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 318 aa  272  5.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  44.73 
 
 		 320 aa  269  4e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.29 
 
 		 301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  47.26 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.46 
 
 		 301 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 302 aa  256  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  46.43 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 311 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  40.14 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 318 aa  219  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.49 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.84 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  41 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 344 aa  196  3e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.37 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 293 aa  192  6e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  40.82 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.05 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  43.97 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  44.04 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 380 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>