More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3724 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 319 aa  642    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 293 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 293 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  46.72 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 307 aa  217  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  42.63 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 387 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 368 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 308 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  42.61 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 358 aa  205  6e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 351 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  40.63 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 412 aa  203  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.23 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 324 aa  202  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  47.32 
 
 		 324 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 341 aa  199  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.46 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 354 aa  199  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  46.61 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  46.61 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.8 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 344 aa  190  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.8 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  37.82 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 313 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.03 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  33.98 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 309 aa  184  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 320 aa  184  3e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  36.31 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.22 
 
 		 312 aa  182  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 311 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  36.83 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  36.83 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  36.83 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>