More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0084 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 302 aa  611  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  74.33 
 
 		 301 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  71.1 
 
 		 304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  74.33 
 
 		 301 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  72.67 
 
 		 301 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  65.67 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  63.97 
 
 		 298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  52.63 
 
 		 307 aa  305  8.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.63 
 
 		 318 aa  283  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  48.52 
 
 		 310 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 354 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 363 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  48.83 
 
 		 335 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  48.05 
 
 		 310 aa  279  5e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  48.04 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  49.66 
 
 		 342 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  48.46 
 
 		 299 aa  275  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  48.18 
 
 		 358 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 341 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 310 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  47.52 
 
 		 387 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 324 aa  268  7e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 		 324 aa  268  7e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  47.52 
 
 		 366 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 		 412 aa  266  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  47.19 
 
 		 351 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 368 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 308 aa  261  8e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 300 aa  256  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  50.19 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 311 aa  245  6e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.79 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  44.79 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  40.13 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  44.05 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  41 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  45.8 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  44.03 
 
 		 318 aa  198  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  44.11 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 319 aa  192  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 315 aa  192  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>