More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0918 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 314 aa  641    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  97.13 
 
 		 314 aa  622  1e-177  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  53.04 
 
 		 309 aa  317  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 323 aa  314  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  48.23 
 
 		 315 aa  310  2e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15331  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  46.69 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.765679  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15481  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  45.11 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15081  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  44.44 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.976573  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1445  tRNA pseudouridine synthase B  43.31 
 
 		 307 aa  245  9e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  49.3 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  37.74 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  36.66 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 306 aa  195  7e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  44.33 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 291 aa  186  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  45.12 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.28 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 289 aa  179  8e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  38.65 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  33.75 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  35.33 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 301 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  29.32 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 300 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  31.29 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 		 283 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  37.4 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  34.51 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  35.4 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 295 aa  169  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  42.51 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  39.56 
 
 		 327 aa  167  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  44 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  35.63 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 327 aa  167  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  33.95 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  34.73 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 412 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>