More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_09390 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  100 
 
 		 334 aa  684    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  55.33 
 
 		 340 aa  343  2e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  49.25 
 
 		 340 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  47.28 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 307 aa  173  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.39 
 
 		 311 aa  173  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 283 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  47.22 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  34.83 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.75 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  34.13 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  34.26 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.44 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.35 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.67 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  41.07 
 
 		 380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 347 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 314 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  38.04 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.11 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  45.79 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  45.79 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  35.16 
 
 		 288 aa  162  9e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 295 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  44.84 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  36.01 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl282  tRNA pseudouridine 5S synthase  34.39 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000650748  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 338 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  43.92 
 
 		 289 aa  159  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  40.23 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.69 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>