More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2227 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
313 aa  644    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 
300 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 
300 aa  194  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.11 
 
 
300 aa  193  4e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  47.17 
 
 
298 aa  192  8e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  49.76 
 
 
300 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  42.35 
 
 
289 aa  191  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 
293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  49.76 
 
 
297 aa  188  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 
314 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  43.56 
 
 
301 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 
293 aa  185  9e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  44.39 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
297 aa  183  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  33.97 
 
 
314 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 
301 aa  182  8.000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 
299 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 
295 aa  180  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 
293 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
299 aa  178  9e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.92 
 
 
299 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 
291 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 
336 aa  177  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 
289 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 
327 aa  177  3e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 
304 aa  176  5e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 
354 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 
302 aa  175  7e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 
304 aa  175  8e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.04 
 
 
291 aa  173  2.9999999999999996e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  42.31 
 
 
335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  34.1 
 
 
309 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  32.13 
 
 
283 aa  172  5.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 
304 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  34.4 
 
 
558 aa  172  7.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
342 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  42.03 
 
 
230 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  45.93 
 
 
313 aa  172  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  35.11 
 
 
301 aa  171  1e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 
299 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 
310 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 
299 aa  171  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 
307 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 
308 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 
297 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 
294 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 
297 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  43.5 
 
 
297 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.4 
 
 
299 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 
308 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 
309 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
302 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 
302 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 
303 aa  168  1e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 
301 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 
318 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 
308 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.15 
 
 
303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 
307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 
301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  34.74 
 
 
296 aa  165  8e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 
341 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 
341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 
341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  36.18 
 
 
371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  37.98 
 
 
241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
301 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 
241 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  39.13 
 
 
298 aa  164  3e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 
228 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 
232 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  34.2 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
321 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
321 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
311 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
302 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
302 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
302 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
343 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 
308 aa  162  9e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 
309 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1445  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 
307 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 
323 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 
302 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 
310 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 
304 aa  161  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>