More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0838 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 305 aa  629  1e-179  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  71.8 
 
 		 305 aa  469  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  71.8 
 
 		 305 aa  469  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  45.72 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  48.81 
 
 		 280 aa  267  2e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  44.74 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  257  2e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  45.36 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  46.36 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 330 aa  249  6e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  46.18 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  44.27 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  41.3 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  43.07 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 321 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 321 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 309 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.84 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.33 
 
 		 344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  33.99 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  40 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  36.3 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.53 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  37.08 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  36.08 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 331 aa  178  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  36.7 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  36.8 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  35.91 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  33.66 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  33.66 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 308 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 380 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>