More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0460 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  635    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  51.28 
 
 		 297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  44.79 
 
 		 307 aa  252  5.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 294 aa  245  9e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.82 
 
 		 303 aa  235  7e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 307 aa  229  7e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  41.36 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.23 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.59 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.64 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.98 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 318 aa  205  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  41.7 
 
 		 330 aa  205  6e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  41.16 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  36.48 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  35.76 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  35.2 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.06 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.42 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  38.51 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  36.09 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.38 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  40.51 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  35.22 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  36 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.64 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  34.58 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  35.28 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  35.39 
 
 		 324 aa  195  9e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>