More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1460 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 255 aa  528  1e-149  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  69.43 
 
 		 243 aa  334  7.999999999999999e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  70.35 
 
 		 241 aa  333  1e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  66.82 
 
 		 252 aa  301  6.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  62.93 
 
 		 289 aa  300  2e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  61.78 
 
 		 240 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 		 247 aa  292  3e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  48.46 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  49.77 
 
 		 225 aa  198  6e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  46.95 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  45.58 
 
 		 229 aa  189  5e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 558 aa  180  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  43.93 
 
 		 279 aa  175  7e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 311 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.17 
 
 		 299 aa  152  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.25 
 
 		 311 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 315 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  38.57 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 336 aa  149  5e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 289 aa  148  7e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  38.84 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 344 aa  142  5e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 289 aa  142  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  35.86 
 
 		 330 aa  141  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  38.94 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  38.97 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 244 aa  140  3e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.23 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  38.5 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 297 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  42.38 
 
 		 328 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.28 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  38.16 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 305 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 306 aa  135  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.85 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  37.89 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 371 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 327 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.85 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  41.43 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 322 aa  132  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  37.72 
 
 		 307 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 297 aa  132  3.9999999999999996e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.25 
 
 		 303 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  34.91 
 
 		 359 aa  132  6e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>