More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0789 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  67.54 
 
 		 244 aa  318  5e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  60.36 
 
 		 228 aa  256  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  55 
 
 		 238 aa  248  5e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  50.89 
 
 		 558 aa  236  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  53.15 
 
 		 229 aa  234  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  52.53 
 
 		 232 aa  231  7.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  52.88 
 
 		 230 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  49.07 
 
 		 225 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  47.27 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  46.88 
 
 		 249 aa  184  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.07 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  44.55 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 299 aa  175  6e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 314 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 298 aa  169  3e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 295 aa  168  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  40.72 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 292 aa  161  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  42.34 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.36 
 
 		 310 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.36 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 311 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 302 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 302 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 302 aa  156  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 318 aa  155  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 		 336 aa  155  4e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 291 aa  155  5.0000000000000005e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 321 aa  152  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 322 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 302 aa  151  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 294 aa  151  8e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  37.29 
 
 		 302 aa  151  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 297 aa  150  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 327 aa  150  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.12 
 
 		 348 aa  150  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 291 aa  149  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 306 aa  148  7e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 314 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.64 
 
 		 299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 301 aa  145  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 344 aa  145  6e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  37.77 
 
 		 337 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 343 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 304 aa  144  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.35 
 
 		 305 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  34.85 
 
 		 367 aa  142  3e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 307 aa  142  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 330 aa  142  4e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>