More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1246 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 244 aa  502  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  67.54 
 
 		 241 aa  318  5e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  58.17 
 
 		 230 aa  251  6e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  58.06 
 
 		 228 aa  251  8.000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  54.59 
 
 		 558 aa  249  3e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  54.17 
 
 		 238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 229 aa  238  8e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  50 
 
 		 225 aa  207  9e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 249 aa  181  7e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  44.29 
 
 		 279 aa  180  2e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  47.26 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 313 aa  173  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 241 aa  171  6.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 297 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 297 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 297 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.07 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 302 aa  168  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 313 aa  165  5.9999999999999996e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 295 aa  164  8e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 243 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 294 aa  159  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 299 aa  158  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 241 aa  158  6e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  36.62 
 
 		 307 aa  158  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 314 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 302 aa  156  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 291 aa  155  6e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 298 aa  154  8e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 299 aa  154  9e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.57 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 300 aa  152  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.75 
 
 		 303 aa  151  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 300 aa  151  8.999999999999999e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 293 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  36.87 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  38.94 
 
 		 310 aa  149  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 294 aa  149  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 294 aa  148  6e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  34.09 
 
 		 304 aa  148  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  38.42 
 
 		 310 aa  148  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 308 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  36.53 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 310 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  42.64 
 
 		 319 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 295 aa  145  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 295 aa  145  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 387 aa  145  5e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  38.12 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 343 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 321 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 311 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 302 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 302 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 322 aa  144  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 302 aa  144  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 321 aa  144  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 300 aa  143  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.75 
 
 		 300 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 294 aa  143  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 301 aa  143  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 371 aa  142  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 311 aa  142  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>