More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_04550 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  100 
 
 		 238 aa  494  1e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  64.04 
 
 		 229 aa  304  9.000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  60.09 
 
 		 558 aa  297  1e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  56.58 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  56.31 
 
 		 228 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  55 
 
 		 241 aa  248  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  54.17 
 
 		 244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  57.75 
 
 		 225 aa  238  4e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  51.14 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  48.46 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  47.51 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  48.15 
 
 		 279 aa  186  2e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  43.69 
 
 		 359 aa  182  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 380 aa  178  5.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 310 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 310 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  44.91 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 311 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43.13 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 311 aa  175  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 302 aa  174  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.2 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 311 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 344 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 295 aa  172  2.9999999999999996e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 311 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 318 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 322 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 318 aa  169  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 336 aa  169  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 318 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 302 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 318 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 289 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 347 aa  162  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  39.21 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.35 
 
 		 304 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.67 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  40.37 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  44.08 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 313 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 294 aa  161  9e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 313 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 300 aa  160  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 322 aa  160  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  38.77 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 313 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 299 aa  158  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 331 aa  158  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 339 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 310 aa  156  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  39.55 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  41.59 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 302 aa  155  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 291 aa  155  4e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 332 aa  155  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.56 
 
 		 293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 		 371 aa  155  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>