More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3547 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 228 aa  466  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  59.17 
 
 		 232 aa  263  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  60.36 
 
 		 241 aa  256  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  55.76 
 
 		 229 aa  254  7e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  56.31 
 
 		 238 aa  252  4.0000000000000004e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  58.06 
 
 		 244 aa  251  7e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  56.16 
 
 		 230 aa  241  7e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  49.08 
 
 		 558 aa  218  7.999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  53.92 
 
 		 225 aa  218  8.999999999999998e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  47.95 
 
 		 255 aa  196  3e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  48.61 
 
 		 247 aa  191  6e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 243 aa  185  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 249 aa  182  3e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  48.33 
 
 		 244 aa  181  7e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 		 240 aa  179  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 293 aa  170  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.6 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  42.52 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 306 aa  169  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 299 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  41.89 
 
 		 252 aa  160  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 295 aa  159  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  40.18 
 
 		 322 aa  156  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 336 aa  155  4e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 311 aa  154  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  40.93 
 
 		 299 aa  154  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 300 aa  154  9e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.45 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 300 aa  153  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 310 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 294 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 310 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 310 aa  152  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 310 aa  151  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 293 aa  151  8.999999999999999e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 292 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 297 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 297 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 297 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.65 
 
 		 302 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 321 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 311 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 307 aa  149  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 311 aa  149  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 310 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 321 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 		 323 aa  148  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 313 aa  148  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.71 
 
 		 322 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 330 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 310 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  145  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  145  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 314 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 298 aa  145  5e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  144  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  37.9 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 307 aa  143  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 305 aa  143  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 307 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 294 aa  143  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 307 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  39.2 
 
 		 387 aa  142  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 304 aa  142  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 339 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  38.36 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>