More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_1777 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 289 aa  587  1e-166  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  62.93 
 
 		 255 aa  300  2e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 		 241 aa  297  1e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  65.74 
 
 		 243 aa  295  9e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  61.82 
 
 		 247 aa  279  5e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  64.13 
 
 		 252 aa  278  8e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  59.48 
 
 		 240 aa  275  7e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.09 
 
 		 225 aa  195  6e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  47.51 
 
 		 238 aa  192  7e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 558 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  42.67 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 229 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 241 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  45.75 
 
 		 279 aa  170  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 244 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 241 aa  159  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  43.46 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  41.99 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  44.5 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  38.39 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  41.36 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  44.71 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.58 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.99 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 310 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.51 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.5 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  37.4 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  42.79 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  38.5 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  39.45 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 325 aa  135  9e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.61 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  36.07 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0761  tRNA pseudouridine synthase B  38.43 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.634886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  34.86 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  38.39 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0989  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00634759  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.86 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  36.64 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.81 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  38.99 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  37.28 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>