More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0400 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  66.8 
 
 		 243 aa  338  4e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  70.35 
 
 		 255 aa  333  1e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  70.61 
 
 		 252 aa  332  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  65.62 
 
 		 240 aa  310  9e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 		 289 aa  297  9e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  60.7 
 
 		 247 aa  290  1e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.32 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  47 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  45.79 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  49 
 
 		 279 aa  179  4e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  44.91 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 241 aa  161  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 558 aa  161  8.000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  41.59 
 
 		 244 aa  158  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 295 aa  152  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 292 aa  149  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 304 aa  145  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.16 
 
 		 299 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  35.59 
 
 		 299 aa  145  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 293 aa  143  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 306 aa  143  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  39.82 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 295 aa  142  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 294 aa  142  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 330 aa  142  4e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 		 304 aa  141  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 300 aa  141  8e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 		 306 aa  141  9e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  37.77 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  36.32 
 
 		 322 aa  138  7.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  36.11 
 
 		 308 aa  137  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 		 310 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  38.57 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 299 aa  135  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 309 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 311 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  37.67 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.5 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 		 302 aa  134  9e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.98 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.39 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 321 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.19 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 321 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  35.53 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  34.88 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.95 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 235 aa  132  6e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  37.84 
 
 		 317 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 		 318 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  36.75 
 
 		 309 aa  131  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 308 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 308 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.56 
 
 		 309 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.11 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 		 380 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  37.39 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  35.78 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 300 aa  129  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  35.37 
 
 		 354 aa  129  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 		 359 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.4 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  35.5 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  35.59 
 
 		 310 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  33.06 
 
 		 336 aa  128  7.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>