More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1973 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 558 aa  1153    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  60.09 
 
 		 238 aa  296  5e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  62.1 
 
 		 229 aa  284  3.0000000000000004e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  54.59 
 
 		 244 aa  249  8e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  55.76 
 
 		 232 aa  240  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  50.89 
 
 		 241 aa  236  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  49.08 
 
 		 228 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.77 
 
 		 225 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  50.48 
 
 		 230 aa  212  1e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  44.93 
 
 		 243 aa  193  6e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.93 
 
 		 249 aa  186  7e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  43.38 
 
 		 247 aa  186  9e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 289 aa  184  3e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  46.23 
 
 		 279 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 359 aa  182  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 318 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 255 aa  181  4e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 318 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  44.39 
 
 		 347 aa  179  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 310 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.78 
 
 		 310 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 240 aa  177  6e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 321 aa  177  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 380 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  34.4 
 
 		 313 aa  172  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 310 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 310 aa  172  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 337 aa  171  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 311 aa  170  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 318 aa  170  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 315 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 322 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.72 
 
 		 311 aa  169  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 310 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  43.19 
 
 		 314 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 310 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 302 aa  169  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 321 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 321 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 300 aa  168  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.56 
 
 		 311 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  41.86 
 
 		 299 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 302 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 302 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  40.47 
 
 		 302 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  36.24 
 
 		 302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 300 aa  166  8e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 304 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 333 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 241 aa  165  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 309 aa  165  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.18 
 
 		 244 aa  163  6e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 371 aa  163  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 298 aa  163  9e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  38.07 
 
 		 299 aa  163  9e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  42.99 
 
 		 338 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 241 aa  161  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 252 aa  161  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  40.76 
 
 		 291 aa  161  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  41.74 
 
 		 345 aa  160  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 319 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 323 aa  160  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  36.67 
 
 		 310 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  44.13 
 
 		 303 aa  159  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 298 aa  159  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 310 aa  158  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 293 aa  158  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 333 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 300 aa  157  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 308 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 301 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 332 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 302 aa  157  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.91 
 
 		 306 aa  157  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  33.74 
 
 		 307 aa  157  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 297 aa  157  7e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 293 aa  156  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 		 310 aa  156  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  37.79 
 
 		 295 aa  155  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 289 aa  155  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 307 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 306 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.54 
 
 		 307 aa  154  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.06 
 
 		 328 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  40.45 
 
 		 302 aa  154  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 		 301 aa  154  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 306 aa  154  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  40.95 
 
 		 308 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>