More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2708 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 169 aa  330  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  98.82 
 
 		 169 aa  328  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  87.57 
 
 		 169 aa  290  7e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  74.23 
 
 		 167 aa  241  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  66.07 
 
 		 187 aa  223  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  68.48 
 
 		 166 aa  213  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  61.59 
 
 		 171 aa  203  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  50.91 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  54.22 
 
 		 173 aa  159  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  52.41 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  53.46 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  51.5 
 
 		 201 aa  157  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  52.44 
 
 		 182 aa  155  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 		 176 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 176 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 		 200 aa  139  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  46.01 
 
 		 185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 		 188 aa  128  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  47.31 
 
 		 224 aa  127  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 204 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 		 168 aa  126  2.0000000000000002e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  49.04 
 
 		 173 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 223 aa  120  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 223 aa  120  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 189 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 173 aa  117  6e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 		 189 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.11 
 
 		 185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 		 189 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  41.32 
 
 		 221 aa  110  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 231 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 175 aa  107  5e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 189 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 189 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  43.51 
 
 		 163 aa  104  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  41.52 
 
 		 188 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.11 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 172 aa  98.6  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  40.62 
 
 		 206 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  41.14 
 
 		 170 aa  95.9  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  42.18 
 
 		 166 aa  91.7  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  31.87 
 
 		 176 aa  91.7  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  37.11 
 
 		 171 aa  87.8  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  37.8 
 
 		 157 aa  87.4  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.63 
 
 		 174 aa  85.9  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  37.18 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 175 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 		 173 aa  85.1  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.41 
 
 		 167 aa  85.5  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.76 
 
 		 172 aa  85.1  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 175 aa  84  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  40.74 
 
 		 169 aa  84  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  38.29 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.86 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 		 191 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  32.24 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  34.12 
 
 		 169 aa  80.1  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 		 178 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.3 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  33.7 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 179 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 		 169 aa  77  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.45 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>