246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00943 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  100 
 
 		 681 aa  1385    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  46.48 
 
 		 499 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  46.41 
 
 		 881 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  43.32 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  44.38 
 
 		 818 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  34.39 
 
 		 939 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  31.03 
 
 		 1381 aa  199  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  29.36 
 
 		 1467 aa  196  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  30.73 
 
 		 683 aa  190  9e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  30.13 
 
 		 890 aa  187  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  30.81 
 
 		 863 aa  171  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  30.19 
 
 		 1577 aa  171  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  29.09 
 
 		 1368 aa  159  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  46.93 
 
 		 920 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  46.93 
 
 		 917 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1198 aa  147  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  27.05 
 
 		 1177 aa  141  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  40.1 
 
 		 913 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  35.2 
 
 		 509 aa  125  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  24.96 
 
 		 1301 aa  124  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  35.45 
 
 		 889 aa  111  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  35.45 
 
 		 903 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  31.32 
 
 		 317 aa  104  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  27.51 
 
 		 661 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  28.76 
 
 		 526 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.88 
 
 		 2096 aa  98.6  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1352 aa  97.8  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  29.35 
 
 		 324 aa  97.8  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.03 
 
 		 1271 aa  92  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  30.86 
 
 		 338 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  26.13 
 
 		 500 aa  90.5  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  32.11 
 
 		 927 aa  88.6  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 2035 aa  88.2  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.38 
 
 		 1433 aa  87  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.8 
 
 		 1600 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.44 
 
 		 3027 aa  82.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 508 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.09 
 
 		 2149 aa  78.6  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1197 aa  77.4  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  24.44 
 
 		 1604 aa  77  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  23.98 
 
 		 1583 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  26.62 
 
 		 3689 aa  72.8  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  24.68 
 
 		 820 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.14 
 
 		 1614 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.74 
 
 		 2277 aa  70.9  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  27.54 
 
 		 1531 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.75 
 
 		 3273 aa  69.3  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.47 
 
 		 1518 aa  67.8  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.57 
 
 		 1485 aa  67.4  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  37.75 
 
 		 6272 aa  66.6  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  25.41 
 
 		 1953 aa  67  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.2 
 
 		 1959 aa  65.9  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  26.51 
 
 		 3073 aa  65.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  25.21 
 
 		 1074 aa  65.1  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.38 
 
 		 1586 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.14 
 
 		 1586 aa  65.5  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  22.38 
 
 		 1595 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.35 
 
 		 1362 aa  63.9  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23.31 
 
 		 1428 aa  62.8  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  27.59 
 
 		 1147 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  26.96 
 
 		 399 aa  63.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.4 
 
 		 1528 aa  62.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.57 
 
 		 1942 aa  63.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.43 
 
 		 1489 aa  62.4  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23.31 
 
 		 1579 aa  62.4  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  34.35 
 
 		 1528 aa  62.4  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.54 
 
 		 1840 aa  62.4  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  23.02 
 
 		 613 aa  62  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.95 
 
 		 1568 aa  61.2  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.15 
 
 		 1917 aa  60.8  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  23.65 
 
 		 1317 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1699 aa  59.7  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.91 
 
 		 1669 aa  59.7  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  38.68 
 
 		 1434 aa  58.9  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.21 
 
 		 1527 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1487 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  24.81 
 
 		 1710 aa  57.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  35.63 
 
 		 765 aa  57.4  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22.99 
 
 		 3193 aa  57.4  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  43.08 
 
 		 2658 aa  57.4  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  29.47 
 
 		 1488 aa  56.6  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.19 
 
 		 1552 aa  57  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  35.19 
 
 		 1543 aa  57  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  42.39 
 
 		 1681 aa  56.2  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  33.33 
 
 		 1593 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1611 aa  56.6  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.14 
 
 		 1319 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  27.7 
 
 		 924 aa  55.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  32.26 
 
 		 1626 aa  55.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1565 aa  55.1  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1565 aa  55.1  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  23.61 
 
 		 1654 aa  54.7  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  23.5 
 
 		 2942 aa  54.7  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.62 
 
 		 1509 aa  54.7  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1547 aa  54.3  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  37.21 
 
 		 1609 aa  54.3  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1553 aa  54.3  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1602 aa  54.3  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  25.71 
 
 		 1437 aa  54.3  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  29.22 
 
 		 678 aa  53.9  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>