117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_2469 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  100 
 
 		 569 aa  1178    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  98.77 
 
 		 569 aa  1165    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  45.59 
 
 		 588 aa  514  1e-144  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  46.02 
 
 		 608 aa  490  1e-137  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  40.07 
 
 		 638 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  40.07 
 
 		 638 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  33.9 
 
 		 562 aa  294  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  32.98 
 
 		 665 aa  85.5  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  31.43 
 
 		 760 aa  80.5  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.05 
 
 		 702 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3564  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.7 
 
 		 662 aa  79.3  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3019  hypothetical protein  23.48 
 
 		 694 aa  77  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4381  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.74 
 
 		 662 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0399338  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.87 
 
 		 629 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1490  TraG family protein  22.31 
 
 		 669 aa  74.7  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.179815 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.67 
 
 		 633 aa  73.9  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3760  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.5 
 
 		 658 aa  71.6  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195316  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6700  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.68 
 
 		 685 aa  70.9  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.170783 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  23.33 
 
 		 912 aa  68.6  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.24 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.24 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.24 
 
 		 708 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.24 
 
 		 708 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.24 
 
 		 707 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  24.93 
 
 		 511 aa  67  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.32 
 
 		 776 aa  66.2  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.65 
 
 		 708 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0886  hypothetical protein  20.48 
 
 		 597 aa  64.7  0.000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.309534 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  23.17 
 
 		 657 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.12 
 
 		 743 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.71 
 
 		 604 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  23.42 
 
 		 695 aa  61.2  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.92 
 
 		 681 aa  60.8  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  26.95 
 
 		 670 aa  60.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  22.6 
 
 		 699 aa  60.5  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  22.97 
 
 		 699 aa  59.7  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  20.91 
 
 		 672 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  29.29 
 
 		 602 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  24.71 
 
 		 571 aa  58.9  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  27.4 
 
 		 768 aa  58.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  26.63 
 
 		 692 aa  58.5  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  23.33 
 
 		 678 aa  57.4  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  22.28 
 
 		 827 aa  57.4  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  24 
 
 		 629 aa  57.4  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  27.39 
 
 		 723 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  21.76 
 
 		 798 aa  56.2  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  22.34 
 
 		 682 aa  56.2  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.49 
 
 		 616 aa  55.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  22.52 
 
 		 673 aa  55.5  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 678 aa  55.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  23.22 
 
 		 763 aa  54.7  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.71 
 
 		 840 aa  54.3  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.79 
 
 		 784 aa  54.3  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.86 
 
 		 648 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  21.88 
 
 		 559 aa  53.5  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.97 
 
 		 578 aa  52.8  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.82 
 
 		 575 aa  52  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  23.46 
 
 		 809 aa  52  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.77 
 
 		 565 aa  51.2  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 573 aa  51.6  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  26.62 
 
 		 625 aa  51.2  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  23.05 
 
 		 828 aa  50.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  23.05 
 
 		 834 aa  50.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  26.18 
 
 		 665 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.56 
 
 		 602 aa  50.4  0.00008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  24.53 
 
 		 634 aa  50.1  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.05 
 
 		 576 aa  50.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  22.67 
 
 		 935 aa  50.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  21.94 
 
 		 677 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  24.22 
 
 		 570 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  28.83 
 
 		 656 aa  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  28.06 
 
 		 554 aa  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  24.58 
 
 		 666 aa  48.5  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24.22 
 
 		 557 aa  48.5  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  24.22 
 
 		 570 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  26.16 
 
 		 661 aa  47.8  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  23.29 
 
 		 606 aa  47.8  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  27.41 
 
 		 620 aa  47.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  24.77 
 
 		 606 aa  47.8  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.75 
 
 		 666 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  30 
 
 		 655 aa  47.8  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  20.09 
 
 		 583 aa  47.4  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.8 
 
 		 666 aa  47.4  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25.52 
 
 		 675 aa  47.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.34 
 
 		 668 aa  47.4  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 		 663 aa  47.4  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.8 
 
 		 665 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  31.07 
 
 		 660 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 723 aa  46.2  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.35 
 
 		 621 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  25.29 
 
 		 611 aa  45.4  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.11 
 
 		 593 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  29.17 
 
 		 662 aa  46.2  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  21.35 
 
 		 648 aa  46.2  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  24.55 
 
 		 594 aa  46.2  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  27.21 
 
 		 509 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.34 
 
 		 670 aa  46.2  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.53 
 
 		 664 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  21.84 
 
 		 633 aa  45.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.81 
 
 		 661 aa  44.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>