147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3905 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  100 
 
 		 760 aa  1549    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.66 
 
 		 708 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.83 
 
 		 708 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.86 
 
 		 708 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.86 
 
 		 708 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.86 
 
 		 708 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.69 
 
 		 707 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  31.54 
 
 		 692 aa  264  6e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  29.4 
 
 		 665 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  27.81 
 
 		 723 aa  251  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.95 
 
 		 702 aa  250  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.12 
 
 		 743 aa  246  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  28.27 
 
 		 611 aa  242  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  32.9 
 
 		 763 aa  239  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.87 
 
 		 681 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  32.38 
 
 		 768 aa  237  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.98 
 
 		 840 aa  231  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.05 
 
 		 776 aa  225  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  29.49 
 
 		 657 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  27.48 
 
 		 798 aa  216  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  28.69 
 
 		 667 aa  210  6e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.21 
 
 		 616 aa  181  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.97 
 
 		 629 aa  181  4.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.81 
 
 		 509 aa  180  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.21 
 
 		 578 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  27.67 
 
 		 672 aa  158  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.41 
 
 		 571 aa  156  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  28.61 
 
 		 565 aa  151  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.67 
 
 		 604 aa  144  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  26.94 
 
 		 562 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.42 
 
 		 675 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  27.32 
 
 		 602 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  26.9 
 
 		 784 aa  100  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  24.37 
 
 		 675 aa  82.4  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  27.42 
 
 		 569 aa  81.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.07 
 
 		 665 aa  80.9  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  31.43 
 
 		 569 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.78 
 
 		 664 aa  80.1  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 669 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 678 aa  80.1  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  24.37 
 
 		 672 aa  80.5  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  23.78 
 
 		 668 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 666 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 665 aa  78.6  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  24.57 
 
 		 670 aa  78.2  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  23.78 
 
 		 666 aa  77.8  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.63 
 
 		 663 aa  77.8  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  24.57 
 
 		 673 aa  77.8  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  23.66 
 
 		 669 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 		 666 aa  76.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  23.73 
 
 		 662 aa  77  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.07 
 
 		 669 aa  77  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.2 
 
 		 669 aa  75.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.23 
 
 		 659 aa  76.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 667 aa  75.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.08 
 
 		 665 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.51 
 
 		 664 aa  75.1  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  23.73 
 
 		 661 aa  75.5  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.59 
 
 		 662 aa  75.1  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 664 aa  75.1  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  27.91 
 
 		 665 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.87 
 
 		 661 aa  73.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.27 
 
 		 661 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  28 
 
 		 756 aa  73.9  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.16 
 
 		 660 aa  72.8  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  24.81 
 
 		 608 aa  72.8  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  22.62 
 
 		 674 aa  72  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  23.95 
 
 		 676 aa  71.6  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  25.36 
 
 		 620 aa  72  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 723 aa  71.6  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 663 aa  71.6  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  22.24 
 
 		 687 aa  71.2  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 660 aa  70.5  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.53 
 
 		 666 aa  69.7  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  22.79 
 
 		 573 aa  69.7  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.93 
 
 		 666 aa  69.7  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  29.44 
 
 		 700 aa  69.3  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.89 
 
 		 660 aa  68.6  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  23.35 
 
 		 687 aa  67.8  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.63 
 
 		 664 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  22.91 
 
 		 661 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  23.77 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  22.31 
 
 		 661 aa  65.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 663 aa  65.9  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 663 aa  65.9  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  22.82 
 
 		 573 aa  65.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  23.82 
 
 		 662 aa  64.7  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  26.36 
 
 		 660 aa  64.3  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 659 aa  64.3  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  27.11 
 
 		 588 aa  63.9  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.55 
 
 		 661 aa  63.5  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  32.76 
 
 		 453 aa  63.2  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  23.2 
 
 		 670 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.4 
 
 		 661 aa  62.4  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.22 
 
 		 834 aa  61.2  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.22 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.22 
 
 		 809 aa  60.8  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  30.72 
 
 		 638 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  24.28 
 
 		 678 aa  60.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  30.72 
 
 		 638 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>