51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_C0001 on replicon NC_009787
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  49.73 
 
 		 723 aa  726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  93.71 
 
 		 681 aa  955    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  100 
 
 		 743 aa  1541    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  45.04 
 
 		 840 aa  529  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  42.47 
 
 		 611 aa  477  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.73 
 
 		 708 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.73 
 
 		 708 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.73 
 
 		 708 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.56 
 
 		 708 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.4 
 
 		 707 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  37.4 
 
 		 708 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  38.01 
 
 		 692 aa  408  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  33.75 
 
 		 667 aa  356  6.999999999999999e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  31.64 
 
 		 665 aa  273  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  33.2 
 
 		 657 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  32.18 
 
 		 702 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  31.26 
 
 		 768 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  31.18 
 
 		 763 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  27.15 
 
 		 760 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.06 
 
 		 776 aa  225  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.83 
 
 		 798 aa  216  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.59 
 
 		 616 aa  173  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.92 
 
 		 629 aa  173  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.28 
 
 		 509 aa  163  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  23.8 
 
 		 571 aa  151  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.58 
 
 		 604 aa  139  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  28.15 
 
 		 562 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.04 
 
 		 578 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  22.49 
 
 		 565 aa  127  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  22.63 
 
 		 672 aa  125  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.68 
 
 		 675 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.11 
 
 		 602 aa  97.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  23.44 
 
 		 784 aa  95.1  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  23.21 
 
 		 573 aa  66.6  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  27.37 
 
 		 608 aa  58.5  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  29.58 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  29.58 
 
 		 638 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  26.09 
 
 		 569 aa  57.8  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  25.69 
 
 		 569 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  30.29 
 
 		 562 aa  55.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  25.84 
 
 		 588 aa  54.3  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  25.62 
 
 		 610 aa  53.9  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  36.62 
 
 		 110 aa  53.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  23.15 
 
 		 902 aa  52.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  20.17 
 
 		 602 aa  52.4  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  22.13 
 
 		 625 aa  45.8  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  25.41 
 
 		 587 aa  45.4  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  25.86 
 
 		 590 aa  45.4  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  21.03 
 
 		 912 aa  44.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  27.78 
 
 		 606 aa  44.3  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 682 aa  44.3  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>