81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3560 on replicon NC_009470
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  100 
 
 		 604 aa  1247    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  31.36 
 
 		 571 aa  216  7e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.75 
 
 		 578 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  31.73 
 
 		 565 aa  195  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.16 
 
 		 702 aa  183  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.59 
 
 		 708 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.36 
 
 		 708 aa  170  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  30.23 
 
 		 509 aa  169  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.36 
 
 		 707 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.36 
 
 		 708 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.36 
 
 		 708 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  29.36 
 
 		 708 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  28.11 
 
 		 665 aa  167  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  28.24 
 
 		 611 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  25.44 
 
 		 723 aa  154  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  26.99 
 
 		 692 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  25.34 
 
 		 657 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  25.4 
 
 		 768 aa  146  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  25.7 
 
 		 562 aa  144  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  26.67 
 
 		 760 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.76 
 
 		 840 aa  142  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.67 
 
 		 629 aa  140  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.58 
 
 		 743 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  24.94 
 
 		 763 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.43 
 
 		 776 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25.05 
 
 		 672 aa  135  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.11 
 
 		 681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.27 
 
 		 616 aa  121  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.22 
 
 		 602 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.35 
 
 		 798 aa  117  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  25.84 
 
 		 667 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  27.09 
 
 		 784 aa  103  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  22.66 
 
 		 675 aa  67.4  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  21.64 
 
 		 602 aa  65.5  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  24.38 
 
 		 559 aa  63.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  26.71 
 
 		 569 aa  61.6  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  26.71 
 
 		 569 aa  61.6  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  30.97 
 
 		 638 aa  61.6  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  30.97 
 
 		 638 aa  61.6  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  22.51 
 
 		 573 aa  61.6  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  27.61 
 
 		 668 aa  57.8  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  26.16 
 
 		 634 aa  57.8  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  21.48 
 
 		 661 aa  57.4  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  31.96 
 
 		 667 aa  56.6  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  31.96 
 
 		 670 aa  56.6  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0023  transfer complex protein TrsK-like  27.34 
 
 		 588 aa  56.6  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.97 
 
 		 648 aa  55.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  31.13 
 
 		 608 aa  55.1  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 637 aa  53.9  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  24.42 
 
 		 637 aa  53.9  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  36.11 
 
 		 562 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  25 
 
 		 713 aa  50.8  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  22.6 
 
 		 633 aa  50.4  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  22.16 
 
 		 670 aa  50.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  24.71 
 
 		 625 aa  49.7  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  30.43 
 
 		 682 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  26.58 
 
 		 626 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  26.45 
 
 		 823 aa  49.3  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  27.21 
 
 		 576 aa  48.9  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  19.5 
 
 		 651 aa  48.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  28.3 
 
 		 723 aa  48.1  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  25.26 
 
 		 633 aa  47.8  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.63 
 
 		 636 aa  47.8  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  27.33 
 
 		 663 aa  47  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  37.35 
 
 		 511 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  26.57 
 
 		 630 aa  47  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.74 
 
 		 593 aa  47  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  25.74 
 
 		 594 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  21.38 
 
 		 912 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  26.47 
 
 		 575 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  31.19 
 
 		 645 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  29.7 
 
 		 610 aa  45.8  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.58 
 
 		 453 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  25.86 
 
 		 756 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  25.74 
 
 		 583 aa  44.7  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  23.67 
 
 		 935 aa  44.7  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  27.43 
 
 		 570 aa  44.3  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  27.43 
 
 		 557 aa  44.3  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  27.43 
 
 		 570 aa  44.3  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  27.93 
 
 		 661 aa  43.9  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  25.26 
 
 		 648 aa  43.9  0.01  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>