164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0976 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_1405  TRAG family protein  54.58 
 
 		 827 aa  838    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  100 
 
 		 912 aa  1871    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  51.88 
 
 		 511 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  37.3 
 
 		 663 aa  344  5e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  35.43 
 
 		 682 aa  266  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  27.99 
 
 		 661 aa  202  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1805  TRAG family protein  28.94 
 
 		 598 aa  160  9e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  27.4 
 
 		 673 aa  151  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  25.14 
 
 		 648 aa  144  6e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  27.4 
 
 		 625 aa  141  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  26.15 
 
 		 677 aa  131  6e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  24.49 
 
 		 590 aa  109  3e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18910  type IV secretory pathway, VirD4 component  23.35 
 
 		 627 aa  96.7  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.755696  normal  0.106526 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28380  type IV secretory pathway, VirD4 component  26.46 
 
 		 445 aa  96.7  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.125371 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  27.67 
 
 		 762 aa  94  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1514  TRAG family protein  24.57 
 
 		 606 aa  93.2  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  24.69 
 
 		 606 aa  93.2  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3157  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.59 
 
 		 332 aa  93.2  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.104836  normal  0.929615 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  24.38 
 
 		 610 aa  80.1  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  24.03 
 
 		 713 aa  79  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2468  hypothetical protein  41.76 
 
 		 103 aa  75.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000314225 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  21.94 
 
 		 668 aa  75.1  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3625  TRAG family protein  23.93 
 
 		 742 aa  73.6  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  22.34 
 
 		 678 aa  74.3  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  21.73 
 
 		 667 aa  72  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  21.73 
 
 		 670 aa  71.6  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.05 
 
 		 593 aa  70.5  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.44 
 
 		 699 aa  69.7  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  23.1 
 
 		 569 aa  69.7  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  23.33 
 
 		 569 aa  68.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  24.21 
 
 		 570 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  25.18 
 
 		 613 aa  68.2  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  23.81 
 
 		 594 aa  68.2  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24.46 
 
 		 557 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  24.46 
 
 		 570 aa  67.8  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.46 
 
 		 576 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  21.69 
 
 		 554 aa  67.4  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  23.84 
 
 		 714 aa  65.1  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  22.03 
 
 		 661 aa  65.1  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0044  hypothetical protein  24.19 
 
 		 608 aa  65.1  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.612223  normal  0.249044 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.4 
 
 		 699 aa  65.1  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.75 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.14 
 
 		 695 aa  64.3  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.48 
 
 		 575 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  22.54 
 
 		 583 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  20.5 
 
 		 669 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2951  ATPase involved in conjugal plasmid transfer TRAG  27.23 
 
 		 935 aa  61.2  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.53 
 
 		 648 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  26.61 
 
 		 592 aa  59.3  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  29.2 
 
 		 672 aa  58.9  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  19.92 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  20.29 
 
 		 666 aa  58.2  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  20.97 
 
 		 687 aa  57.8  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  20.29 
 
 		 669 aa  57.8  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  20.37 
 
 		 664 aa  57.8  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.35 
 
 		 678 aa  57.8  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  21.53 
 
 		 723 aa  57.4  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  20.17 
 
 		 664 aa  57  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  22.92 
 
 		 628 aa  56.6  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  20.37 
 
 		 665 aa  57  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  23.08 
 
 		 663 aa  55.8  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  19.47 
 
 		 670 aa  55.8  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  19.88 
 
 		 673 aa  55.8  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  21.58 
 
 		 665 aa  55.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.86 
 
 		 670 aa  55.5  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.03 
 
 		 611 aa  55.1  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  20.86 
 
 		 559 aa  54.7  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.72 
 
 		 587 aa  54.3  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  24.31 
 
 		 591 aa  54.3  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  20.41 
 
 		 665 aa  53.9  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.12 
 
 		 490 aa  53.9  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  20.08 
 
 		 667 aa  53.9  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  22.42 
 
 		 548 aa  53.9  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  20.5 
 
 		 672 aa  54.3  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  29.17 
 
 		 602 aa  53.9  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  21.26 
 
 		 665 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  19.88 
 
 		 666 aa  53.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  31 
 
 		 509 aa  53.5  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  23.9 
 
 		 834 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  20.32 
 
 		 656 aa  53.5  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  23.9 
 
 		 828 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  22.83 
 
 		 634 aa  53.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  20.08 
 
 		 666 aa  53.5  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  23.59 
 
 		 601 aa  53.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  21.18 
 
 		 687 aa  52.8  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  20.08 
 
 		 665 aa  53.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  23.65 
 
 		 506 aa  52.8  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  22.08 
 
 		 634 aa  52.8  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  21.36 
 
 		 661 aa  52.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  23.79 
 
 		 809 aa  52.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  21.41 
 
 		 661 aa  52.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  22.11 
 
 		 661 aa  52.4  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  20.94 
 
 		 662 aa  52.4  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.79 
 
 		 674 aa  52.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  21.08 
 
 		 638 aa  52  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  20.49 
 
 		 589 aa  52  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  21.08 
 
 		 638 aa  52  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  20.82 
 
 		 662 aa  52  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  24.45 
 
 		 902 aa  51.6  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  20.69 
 
 		 620 aa  51.6  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>