116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_0800 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 587 aa  1140    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  61.23 
 
 		 594 aa  617  1e-175  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  61.23 
 
 		 594 aa  595  1e-168  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  57.9 
 
 		 592 aa  589  1e-167  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  57.56 
 
 		 592 aa  580  1e-164  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  38.09 
 
 		 634 aa  338  1.9999999999999998e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  37.91 
 
 		 621 aa  310  5.9999999999999995e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  36.63 
 
 		 613 aa  236  8e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  36.89 
 
 		 611 aa  215  1.9999999999999998e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.53 
 
 		 490 aa  192  2e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  34.2 
 
 		 453 aa  187  5e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  31.33 
 
 		 506 aa  176  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  33.98 
 
 		 591 aa  176  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  34.9 
 
 		 636 aa  172  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  30.95 
 
 		 589 aa  169  9e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  32.89 
 
 		 589 aa  168  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  33.11 
 
 		 590 aa  159  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  30.35 
 
 		 604 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  29.98 
 
 		 602 aa  152  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  30.56 
 
 		 583 aa  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  35.06 
 
 		 598 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  30.05 
 
 		 399 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.92 
 
 		 656 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  28.39 
 
 		 562 aa  106  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  26.68 
 
 		 690 aa  94.4  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  23.14 
 
 		 554 aa  75.5  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.46 
 
 		 669 aa  73.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  27.82 
 
 		 663 aa  69.7  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  25 
 
 		 561 aa  67.8  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.18 
 
 		 560 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  23.6 
 
 		 658 aa  63.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.2 
 
 		 575 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.47 
 
 		 662 aa  62.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  23.98 
 
 		 570 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  26.17 
 
 		 648 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  27.72 
 
 		 912 aa  60.5  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  23.06 
 
 		 670 aa  60.5  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24 
 
 		 557 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  23.77 
 
 		 570 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  23.67 
 
 		 592 aa  60.1  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  23.72 
 
 		 548 aa  59.3  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.67 
 
 		 666 aa  59.3  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  24.93 
 
 		 573 aa  58.9  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  23.57 
 
 		 583 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.9 
 
 		 661 aa  57  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  25.19 
 
 		 700 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.19 
 
 		 659 aa  56.6  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  22.82 
 
 		 677 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.4 
 
 		 687 aa  55.5  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  30.3 
 
 		 660 aa  55.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  28.92 
 
 		 660 aa  55.5  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.42 
 
 		 651 aa  55.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  23.44 
 
 		 665 aa  54.7  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 		 674 aa  54.7  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 663 aa  54.7  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 663 aa  54.7  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  23.83 
 
 		 660 aa  55.1  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.43 
 
 		 576 aa  54.3  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  28.74 
 
 		 669 aa  54.3  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.94 
 
 		 668 aa  54.3  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  23.32 
 
 		 663 aa  54.3  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.44 
 
 		 665 aa  53.9  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  25.11 
 
 		 713 aa  53.9  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  22.83 
 
 		 664 aa  53.5  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  23.04 
 
 		 666 aa  53.5  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.02 
 
 		 714 aa  53.1  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  28.99 
 
 		 661 aa  53.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  24.1 
 
 		 661 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  29.71 
 
 		 659 aa  53.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  24.09 
 
 		 662 aa  53.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.38 
 
 		 675 aa  52.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.5 
 
 		 664 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.23 
 
 		 471 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  21.63 
 
 		 687 aa  52.8  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.65 
 
 		 661 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  20.89 
 
 		 594 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  28.99 
 
 		 665 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  22.19 
 
 		 666 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  22.12 
 
 		 695 aa  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  23.16 
 
 		 664 aa  51.6  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  24.07 
 
 		 669 aa  51.6  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  28.79 
 
 		 660 aa  51.6  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2738  TRAG family protein  24.42 
 
 		 606 aa  51.6  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  22.12 
 
 		 670 aa  51.6  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  23.06 
 
 		 661 aa  51.2  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  22 
 
 		 663 aa  51.2  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  22.52 
 
 		 673 aa  51.2  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  29.49 
 
 		 509 aa  51.2  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  22.11 
 
 		 559 aa  51.2  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  23.15 
 
 		 662 aa  50.4  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  22.31 
 
 		 667 aa  50.4  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.61 
 
 		 593 aa  50.4  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.68 
 
 		 664 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  22.5 
 
 		 665 aa  49.7  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  27.54 
 
 		 661 aa  50.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  22.87 
 
 		 661 aa  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.95 
 
 		 743 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  25.41 
 
 		 681 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  22.25 
 
 		 669 aa  49.7  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  29.58 
 
 		 666 aa  50.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>