108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3305 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  100 
 
 		 690 aa  1350    Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  61.07 
 
 		 656 aa  674    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.46 
 
 		 562 aa  114  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  26.35 
 
 		 634 aa  93.2  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.14 
 
 		 630 aa  83.6  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  25.11 
 
 		 602 aa  82  0.00000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.28 
 
 		 592 aa  80.5  0.00000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  26.28 
 
 		 592 aa  80.1  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.08 
 
 		 587 aa  76.3  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  21.55 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  21.66 
 
 		 627 aa  70.9  0.00000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  23.93 
 
 		 576 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  26.46 
 
 		 598 aa  69.3  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  30.94 
 
 		 604 aa  67.4  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  23.52 
 
 		 583 aa  67.4  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.34 
 
 		 611 aa  67.4  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.33 
 
 		 695 aa  66.6  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.05 
 
 		 575 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  29.55 
 
 		 613 aa  65.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  19.61 
 
 		 699 aa  65.1  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  21.58 
 
 		 666 aa  63.5  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  20.83 
 
 		 699 aa  63.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  22.84 
 
 		 651 aa  62.4  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  27.31 
 
 		 670 aa  61.6  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.71 
 
 		 490 aa  60.8  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  24.8 
 
 		 589 aa  60.5  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  22.83 
 
 		 589 aa  59.7  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  27.82 
 
 		 594 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  21.44 
 
 		 758 aa  58.9  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.41 
 
 		 621 aa  58.9  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  24.21 
 
 		 590 aa  58.5  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  19.8 
 
 		 658 aa  57.8  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  22.06 
 
 		 756 aa  57.4  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  24.19 
 
 		 823 aa  57  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  25.39 
 
 		 399 aa  56.6  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  22.73 
 
 		 668 aa  55.8  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  24.79 
 
 		 648 aa  55.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  22.68 
 
 		 667 aa  55.1  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  26.13 
 
 		 583 aa  54.3  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  19.35 
 
 		 678 aa  53.5  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  22.04 
 
 		 638 aa  53.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  26.28 
 
 		 594 aa  53.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  21.79 
 
 		 678 aa  51.6  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  27.66 
 
 		 677 aa  52  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  22.88 
 
 		 656 aa  51.6  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0243  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.34 
 
 		 467 aa  51.6  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00639777  decreased coverage  0.000749046 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  25.32 
 
 		 663 aa  51.6  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  25 
 
 		 548 aa  51.2  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  22.51 
 
 		 670 aa  51.2  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  24.2 
 
 		 633 aa  50.1  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  22.56 
 
 		 714 aa  50.4  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  31.97 
 
 		 594 aa  50.1  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.23 
 
 		 687 aa  49.3  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  25.38 
 
 		 591 aa  49.7  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  23.9 
 
 		 506 aa  49.7  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5785  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.92 
 
 		 471 aa  48.5  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435047  normal  0.0557182 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  36.9 
 
 		 664 aa  47.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  21.98 
 
 		 670 aa  47.8  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.89 
 
 		 662 aa  47  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.11 
 
 		 668 aa  47  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  24.32 
 
 		 896 aa  47  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  39.44 
 
 		 663 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  33.33 
 
 		 660 aa  46.6  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5397  hypothetical protein  23.87 
 
 		 562 aa  47  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  25.16 
 
 		 511 aa  47.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  21.33 
 
 		 634 aa  46.6  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 669 aa  46.6  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  39.44 
 
 		 659 aa  46.6  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  24.66 
 
 		 673 aa  46.6  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  24.77 
 
 		 669 aa  46.2  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  38.03 
 
 		 660 aa  46.2  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.66 
 
 		 667 aa  46.6  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25.55 
 
 		 675 aa  45.4  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  20.9 
 
 		 637 aa  45.4  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  20.9 
 
 		 637 aa  45.4  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 666 aa  45.4  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.31 
 
 		 636 aa  45.4  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  38.03 
 
 		 660 aa  45.8  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 670 aa  45.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  38.03 
 
 		 666 aa  45.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  21.58 
 
 		 644 aa  45.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  21.44 
 
 		 655 aa  45.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.42 
 
 		 665 aa  45.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  24.06 
 
 		 641 aa  44.7  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  38.03 
 
 		 669 aa  44.7  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  35.71 
 
 		 659 aa  45.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  21.54 
 
 		 654 aa  45.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0014  conjugation protein  21.85 
 
 		 877 aa  44.7  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  21.05 
 
 		 673 aa  44.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  23.92 
 
 		 633 aa  44.3  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 665 aa  44.3  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  24.05 
 
 		 713 aa  44.3  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 669 aa  44.3  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  40.98 
 
 		 663 aa  44.3  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  23.87 
 
 		 665 aa  44.3  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  38.03 
 
 		 674 aa  44.3  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  22.8 
 
 		 700 aa  44.3  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  26.77 
 
 		 676 aa  44.3  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  36.62 
 
 		 531 aa  44.3  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  35.21 
 
 		 573 aa  44.3  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>