171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7061 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5517  conjugal transfer coupling protein TraG  71.52 
 
 		 665 aa  955    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0112559 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9186  conjugal transfer coupling protein TraG  87.21 
 
 		 656 aa  1146    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.995414  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4672  conjugal transfer coupling protein TraG  71.04 
 
 		 641 aa  857    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.811781  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 655 aa  1343    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8128  conjugal transfer coupling protein TraG  81.89 
 
 		 654 aa  1059    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147947  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  69.54 
 
 		 639 aa  924    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9589  conjugal transfer coupling protein TraG  56.91 
 
 		 629 aa  730    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283815  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6100  conjugal transfer coupling protein TraG  45.45 
 
 		 663 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4331  conjugal transfer coupling protein TraG  47.92 
 
 		 639 aa  481  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0647  conjugal transfer coupling protein TraG  45.85 
 
 		 637 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.600969  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5000  conjugal transfer coupling protein TraG  46.38 
 
 		 635 aa  475  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.763698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5572  conjugal transfer coupling protein TraG  43.02 
 
 		 674 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0224305  normal  0.0294254 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  39.27 
 
 		 682 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3531  conjugal transfer coupling protein TraG  44.2 
 
 		 606 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8047  Ti-type conjugative transfer system protein TraG  53.24 
 
 		 182 aa  136  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359482  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  26.24 
 
 		 561 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.7 
 
 		 560 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  26.3 
 
 		 661 aa  111  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  26.27 
 
 		 554 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  25.37 
 
 		 723 aa  103  7e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.57 
 
 		 674 aa  103  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  23.27 
 
 		 714 aa  100  7e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0535  TRAG family protein  26.13 
 
 		 509 aa  99.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.379254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  23.6 
 
 		 648 aa  98.2  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  25 
 
 		 902 aa  98.2  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.88 
 
 		 687 aa  98.2  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  25.85 
 
 		 669 aa  97.4  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  23.11 
 
 		 626 aa  97.4  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  24.26 
 
 		 641 aa  96.3  2e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  25.11 
 
 		 580 aa  95.1  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  26.29 
 
 		 665 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.86 
 
 		 663 aa  94.7  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  26.13 
 
 		 662 aa  94.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  27.29 
 
 		 664 aa  94  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  21.74 
 
 		 699 aa  94  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 		 676 aa  92.4  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 		 723 aa  92  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.89 
 
 		 666 aa  92  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  25.11 
 
 		 659 aa  92.4  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 		 666 aa  91.7  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6326  TRAG family protein  24.24 
 
 		 588 aa  91.3  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  24.78 
 
 		 638 aa  91.3  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  26.59 
 
 		 662 aa  90.5  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.54 
 
 		 661 aa  90.5  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  23.85 
 
 		 633 aa  90.1  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 662 aa  90.1  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  24.32 
 
 		 634 aa  90.1  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.41 
 
 		 661 aa  90.1  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 		 660 aa  90.5  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  25.16 
 
 		 714 aa  89.4  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 		 660 aa  89  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  23.88 
 
 		 630 aa  89.7  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.83 
 
 		 660 aa  89.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  25.67 
 
 		 661 aa  88.6  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  26.43 
 
 		 700 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  24.16 
 
 		 666 aa  88.2  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  21.83 
 
 		 695 aa  87.8  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.68 
 
 		 661 aa  88.2  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  23.7 
 
 		 633 aa  87.8  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  25.2 
 
 		 823 aa  87.8  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 637 aa  87.4  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  25.26 
 
 		 663 aa  87.4  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  25.26 
 
 		 663 aa  87.4  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 637 aa  87  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  26.73 
 
 		 687 aa  87  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.75 
 
 		 661 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.4 
 
 		 661 aa  86.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0593  TRAG protein  23.65 
 
 		 575 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  22.74 
 
 		 834 aa  85.9  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  24.94 
 
 		 663 aa  85.9  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  26.13 
 
 		 660 aa  86.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  24.51 
 
 		 670 aa  86.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.78 
 
 		 664 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  22.35 
 
 		 620 aa  85.5  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  25.27 
 
 		 658 aa  84.7  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25.41 
 
 		 661 aa  84.3  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.74 
 
 		 663 aa  84.3  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  23.96 
 
 		 809 aa  84.3  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.3 
 
 		 663 aa  84  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  21.16 
 
 		 699 aa  84.3  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  23.54 
 
 		 828 aa  84  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  24.33 
 
 		 627 aa  83.2  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  21.17 
 
 		 678 aa  83.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  23.74 
 
 		 756 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3603  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  40.87 
 
 		 129 aa  82.4  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.720206  normal  0.831231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.56 
 
 		 659 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  23.93 
 
 		 583 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.06 
 
 		 678 aa  82.4  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  24.76 
 
 		 668 aa  81.6  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  27.27 
 
 		 573 aa  81.6  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 666 aa  81.6  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.7 
 
 		 648 aa  80.9  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.99 
 
 		 575 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  24.54 
 
 		 665 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  22.62 
 
 		 593 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.65 
 
 		 670 aa  80.1  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  23.15 
 
 		 594 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.65 
 
 		 664 aa  79.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.23 
 
 		 669 aa  79.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  26.04 
 
 		 669 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>