198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0142 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  64.12 
 
 		 675 aa  829    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  67.28 
 
 		 573 aa  773    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  74.41 
 
 		 661 aa  1001    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  68.27 
 
 		 678 aa  803    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  80.52 
 
 		 660 aa  951    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  52.44 
 
 		 756 aa  651    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  68.14 
 
 		 661 aa  919    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  71.76 
 
 		 664 aa  924    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  74.11 
 
 		 665 aa  994    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  51.86 
 
 		 723 aa  669    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  64.18 
 
 		 670 aa  848    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  64.05 
 
 		 664 aa  836    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  63.9 
 
 		 664 aa  847    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  65.01 
 
 		 667 aa  825    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  69 
 
 		 687 aa  942    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  71.3 
 
 		 660 aa  936    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  75.92 
 
 		 662 aa  1028    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  72.86 
 
 		 662 aa  991    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  75.37 
 
 		 664 aa  1018    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  70.96 
 
 		 665 aa  823    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  64.32 
 
 		 666 aa  853    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  63.77 
 
 		 665 aa  828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 		 674 aa  1370    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  75.59 
 
 		 661 aa  1016    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  84.32 
 
 		 669 aa  1139    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  64.23 
 
 		 673 aa  850    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  63.74 
 
 		 669 aa  831    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  64.16 
 
 		 668 aa  843    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  62.56 
 
 		 663 aa  838    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  70.47 
 
 		 660 aa  891    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  63.53 
 
 		 665 aa  858    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  75.33 
 
 		 666 aa  1000    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  64.08 
 
 		 669 aa  813    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  66.77 
 
 		 700 aa  902    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  72.67 
 
 		 666 aa  966    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  64.17 
 
 		 666 aa  835    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  70.22 
 
 		 660 aa  899    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  74.78 
 
 		 661 aa  1011    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  73.41 
 
 		 676 aa  987    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  64.57 
 
 		 669 aa  852    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  73.8 
 
 		 531 aa  663    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  73.83 
 
 		 670 aa  768    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  72.74 
 
 		 661 aa  994    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  67.9 
 
 		 666 aa  885    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  74.93 
 
 		 663 aa  1021    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  69.3 
 
 		 687 aa  809    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  74.93 
 
 		 663 aa  1021    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  76.15 
 
 		 659 aa  1013    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  75.62 
 
 		 661 aa  1008    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  74.93 
 
 		 661 aa  994    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  75.07 
 
 		 662 aa  971    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  70.54 
 
 		 663 aa  972    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  76.48 
 
 		 659 aa  1022    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  63.17 
 
 		 672 aa  834    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  47.32 
 
 		 823 aa  488  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  42.08 
 
 		 661 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  40.73 
 
 		 644 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  40.48 
 
 		 637 aa  395  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  40.48 
 
 		 637 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  40.82 
 
 		 634 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  38.86 
 
 		 645 aa  388  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  37.5 
 
 		 626 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  45.71 
 
 		 809 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  47.48 
 
 		 828 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  47.27 
 
 		 834 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  35.75 
 
 		 658 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  35.11 
 
 		 638 aa  311  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  34 
 
 		 630 aa  292  2e-77  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  33.6 
 
 		 627 aa  286  5.999999999999999e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  33.22 
 
 		 641 aa  271  2e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  32.06 
 
 		 648 aa  261  2e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  35.37 
 
 		 714 aa  258  3e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  35.15 
 
 		 723 aa  257  4e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  31.46 
 
 		 713 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  36.77 
 
 		 561 aa  233  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  36.44 
 
 		 560 aa  233  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  32.55 
 
 		 670 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  33.09 
 
 		 651 aa  228  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  35.75 
 
 		 554 aa  220  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  34.38 
 
 		 648 aa  219  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  31.49 
 
 		 758 aa  205  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  31.07 
 
 		 548 aa  205  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  31.03 
 
 		 714 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  31.47 
 
 		 677 aa  199  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  28.33 
 
 		 658 aa  197  6e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  29.2 
 
 		 559 aa  193  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  29.7 
 
 		 663 aa  189  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  30.42 
 
 		 699 aa  187  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.09 
 
 		 695 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  30.24 
 
 		 576 aa  182  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  29.63 
 
 		 583 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  28.4 
 
 		 601 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  30.28 
 
 		 593 aa  180  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.76 
 
 		 678 aa  177  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  27.31 
 
 		 603 aa  177  4e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  30.3 
 
 		 699 aa  178  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  29.69 
 
 		 594 aa  177  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.98 
 
 		 598 aa  177  6e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.24 
 
 		 575 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  30.16 
 
 		 570 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>